გუანიდინის თიოციანატი გამოიყენება როგორც ბიომედიცინა, ქიმიური რეაგენტები და ა.შ. ის შეიძლება გამოყენებულ იქნას როგორც ქაოტროპული აგენტი და დენატურანტი უჯრედების დენატურაციისა და დაშლის, რნმ-ისა და დნმ-ის ექსტრაქტის, და როგორც DSSC-ის ადსორბენტი DSSC-ის კონვერტაციის სიჩქარის გასაუმჯობესებლად.